Quy trình quản lý hóa đơn điện tử từ A đến Z cho hộ kinh doanh

Theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP, hầu hết doanh nghiệp, hộ và cá nhân kinh doanh đều bắt buộc phải sử dụng hóa đơn điện tử. Tuy nhiên, nhiều nhà bán hàng vẫn chưa nắm rõ quy trình quản lý hoá đơn điện tử đúng cách, dẫn đến sai sót khi phát hành, lưu trữ hoặc xử lý hóa đơn. Bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết từng bước trong quy trình quản lý hóa đơn điện tử theo chuẩn quy định, giúp bạn hạn chế rủi ro, tiết kiệm thời gian và đảm bảo tuân thủ pháp luật.

1. Hóa đơn điện tử là gì? 

Hóa đơn điện tử là chứng từ do tổ chức, cá nhân bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ lập bằng phương tiện điện tử, có mã của cơ quan thuế hoặc không có mã, được lưu trữ dưới dạng dữ liệu điện tử, dùng để ghi nhận thông tin bán hàng theo quy định của pháp luật.

Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, từ ngày 1/6/2025, bắt buộc sử dụng hóa đơn điện tử với các nhóm sau:

• Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ
• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu từ 1 tỷ đồng/năm trở lên
• Một số trường hợp đặc thù như: hộ kinh doanh trực tiếp bán lẻ cho người tiêu dùng, hộ có đăng ký máy tính tiền hoặc hóa đơn khởi tạo từ phần mềm

Lưu ý: Hóa đơn điện tử có thể khởi tạo qua phần mềm bán hàng, máy tính tiền có kết nối dữ liệu, hoặc trên cổng của Tổng cục Thuế tùy theo hình thức kinh doanh.

2. Vì sao cần quản lý hóa đơn điện tử đúng quy trình?

Việc quản lý hóa đơn điện tử không chỉ đơn thuần là lưu trữ hay xuất cho đúng mẫu. Nếu không tuân thủ đúng quy trình, doanh nghiệp và hộ kinh doanh có thể gặp phải nhiều rủi ro về pháp lý, sai sót kế toán, thậm chí bị xử phạt hoặc truy thu thuế. Dưới đây là những lý do quan trọng khiến việc quản lý hóa đơn điện tử đúng quy trình là điều bắt buộc:

Tránh rủi ro pháp lý và sai sót khi quyết toán

Hóa đơn là căn cứ quan trọng trong việc kê khai thuế, ghi nhận doanh thu và chi phí. Nếu lưu trữ sai cách, bị mất dữ liệu, hoặc không kiểm soát được hóa đơn đầu vào – đầu ra, bạn rất dễ bị cơ quan thuế truy xuất và xử phạt. Trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp còn bị từ chối khấu trừ thuế giá trị gia tăng do hóa đơn không hợp lệ.

Tối ưu công tác kế toán và kiểm soát nội bộ

Một quy trình quản lý hóa đơn bài bản giúp kế toán tiết kiệm thời gian xử lý, giảm sai sót trong nhập liệu và đối chiếu công nợ. Thay vì xử lý thủ công từng hóa đơn, việc áp dụng phần mềm hoặc xây dựng luồng kiểm tra, lưu trữ hợp lý sẽ giúp đội ngũ kế toán làm việc hiệu quả hơn, kiểm tra dễ dàng hơn khi cần tra cứu lại.

Đáp ứng yêu cầu pháp luật và thuận lợi khi bị thanh tra thuế

Cơ quan thuế hiện nay tăng cường quản lý qua dữ liệu điện tử. Vì vậy, việc lưu trữ hóa đơn đúng định dạng, đúng thời hạn và sẵn sàng cung cấp khi được yêu cầu là yếu tố bắt buộc. Nếu quản lý không đúng quy trình, việc xuất trình hóa đơn hoặc chứng minh giao dịch hợp lệ sẽ trở nên khó khăn và dễ gây hiểu lầm về tính minh bạch của doanh nghiệp.

Xem thêm: Nguyên tắc xuất hóa đơn điện tử đúng chuẩn hộ kinh doanh cần nắm rõ

3. 5 bước trong quy trình quản lý hóa đơn điện tử tiêu chuẩn

Quản lý hóa đơn điện tử không chỉ dừng lại ở việc “xuất đúng” mà còn bao gồm toàn bộ quy trình từ khi tạo, phát hành cho đến lưu trữ, kiểm tra và xử lý sai sót. Dưới đây là 5 bước cơ bản trong quy trình mà bất kỳ doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh nào cũng cần nắm rõ:

Bước 1 – Tạo và ký hóa đơn điện tử

Sau khi hoàn tất giao dịch bán hàng hoặc cung cấp dịch vụ, người bán cần lập hóa đơn điện tử với đầy đủ thông tin: người mua, tên hàng hóa, đơn giá, thuế suất, tổng tiền… Sau đó tiến hành ký số để đảm bảo tính pháp lý. Một số hệ thống phần mềm hiện nay hỗ trợ ký số tự động để tiết kiệm thời gian.

Lưu ý: Ngày ký số không được cách ngày lập hóa đơn quá 1 ngày làm việc. Trường hợp lập hóa đơn ngày thứ Bảy thì hạn cuối ký số là ngày thứ Hai kế tiếp.

Bước 2 – Gửi hóa đơn cho người mua và cơ quan thuế

Sau khi ký số, hóa đơn cần được:

• Gửi tới người mua (qua email, phần mềm hoặc ứng dụng khách hàng).
• Gửi tới Tổng cục Thuế (đối với hóa đơn có mã) hoặc đăng ký theo dõi trên hệ thống nội bộ (với hóa đơn không mã).

Một số phần mềm có tính năng tự động gửi hóa đơn đến người mua và đồng thời cập nhật trạng thái hóa đơn trên hệ thống thuế giúp giảm thao tác thủ công.

Bước 3 – Lưu trữ hóa đơn đúng định dạng, đúng thời hạn

Theo quy định, hóa đơn điện tử phải được lưu trữ tối thiểu 10 năm. Việc lưu trữ cần đảm bảo:

• Đúng định dạng chuẩn XML (kèm file PDF để dễ đọc).
• Có phân quyền truy cập rõ ràng.
• Dễ dàng tra cứu, truy xuất khi cần.

Doanh nghiệp nên phân loại hóa đơn đầu vào – đầu ra theo thời gian, mã số thuế khách hàng, hoặc loại giao dịch để dễ kiểm soát hơn.

Bước 4 – Kiểm tra và đối chiếu hóa đơn đầu vào

Với hóa đơn đầu vào (nhận từ nhà cung cấp), doanh nghiệp cần thực hiện:

• Kiểm tra tính hợp lệ, hợp pháp: mã số thuế, định dạng, chữ ký số, trạng thái hóa đơn.
• Đối chiếu với đơn hàng thực tế hoặc chứng từ thanh toán.
• Lập bảng kê hóa đơn đầu vào (nếu cần), đảm bảo số liệu khớp với sổ sách kế toán.

Một số phần mềm hóa đơn có tính năng tự động kiểm tra mã số thuế nhà cung cấp và phát hiện hóa đơn rủi ro, giúp kế toán xử lý nhanh hơn.

Bước 5 – Xử lý hóa đơn điện tử có sai sót

Tùy theo trạng thái của hóa đơn, việc xử lý sẽ khác nhau:

• Nếu hóa đơn chưa gửi cho người mua: có thể xóa bỏ và lập lại.
• Nếu đã gửi nhưng chưa kê khai thuế: có thể điều chỉnh hoặc thay thế.
• Nếu đã kê khai thuế: bắt buộc lập hóa đơn điều chỉnh (không được hủy hay thay thế).

Trong mọi trường hợp, cần lập biên bản thỏa thuận giữa hai bên và lưu trữ kèm theo hóa đơn mới.

Xem thêm: Cách lưu hóa đơn điện tử đúng chuẩn, dễ quản lý và an toàn

4. Cảnh báo những sai lầm thường gặp khi quản lý hóa đơn điện tử

Dù hóa đơn điện tử được thiết kế để giúp việc quản lý trở nên thuận tiện và minh bạch hơn, nhưng nếu thiếu kiến thức hoặc quy trình rõ ràng, doanh nghiệp và hộ kinh doanh vẫn có thể mắc nhiều sai sót nghiêm trọng. Dưới đây là những lỗi phổ biến cần đặc biệt lưu ý:

Ghi sai thông tin người mua

Việc sai tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua là lỗi rất thường gặp. Trong một số trường hợp, sai tên người mua nhưng không ảnh hưởng đến quyền lợi về thuế (ví dụ sai tên công ty nhưng đúng mã số thuế), vẫn có thể sử dụng hóa đơn. Tuy nhiên, nếu sai mã số thuế hoặc thông tin không khớp với hồ sơ thuế, hóa đơn có thể bị coi là không hợp lệ.

Lưu ý: Không được lập hóa đơn mới thay thế cho hóa đơn sai thông tin. Phải xử lý bằng cách lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thông báo theo quy định.

Ký số chậm so với ngày lập

Theo quy định mới, ngày ký số không được cách ngày lập quá 1 ngày làm việc. Nếu vi phạm, hóa đơn sẽ không còn giá trị pháp lý. Đây là lỗi nhiều doanh nghiệp nhỏ hoặc hộ kinh doanh thường gặp do thiếu nhân sự chuyên trách.

Không lưu trữ đúng định dạng hoặc thời hạn

Nhiều hộ kinh doanh nghĩ rằng chỉ cần lưu file PDF là đủ. Tuy nhiên, định dạng chuẩn lưu trữ phải bao gồm cả file XML có mã hóa đầy đủ và chữ ký số, được lưu trữ tối thiểu 10 năm. Thiếu định dạng này, doanh nghiệp có thể gặp khó khăn khi bị thanh tra thuế hoặc cần xác minh nguồn gốc hóa đơn.

Không kiểm tra hóa đơn đầu vào

Việc nhận hóa đơn từ nhà cung cấp nhưng không kiểm tra kỹ có thể dẫn đến:

• Ghi nhận hóa đơn giả, hóa đơn không hợp lệ.
• Không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng.
• Bị truy thu thuế nếu hóa đơn thuộc danh sách rủi ro của Tổng cục Thuế.

Nhập liệu sai hoặc thiếu khi thống kê thủ công

Nếu doanh nghiệp vẫn quản lý bằng Excel, sai sót do nhập tay là rất phổ biến: lệch số tiền, thiếu dòng, trùng mã số hóa đơn. Các lỗi nhỏ này có thể dẫn đến chênh lệch sổ sách, sai báo cáo thuế và kéo theo nhiều hệ quả.

5. Các phương pháp quản lý hóa đơn điện tử hiện nay

Tùy theo quy mô, năng lực nhân sự và tần suất giao dịch, mỗi doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh sẽ chọn một cách quản lý hóa đơn điện tử phù hợp. Dưới đây là các phương pháp đang được sử dụng phổ biến hiện nay, cùng ưu – nhược điểm của từng cách:

Cách 1 – Quản lý bằng email riêng

Nhiều doanh nghiệp tạo một địa chỉ email riêng chuyên dùng để tiếp nhận hóa đơn điện tử từ nhà cung cấp. Sau đó, các hóa đơn được lưu trữ dưới dạng file đính kèm trong hộp thư điện tử.

• Ưu điểm: Dễ thiết lập, không tốn chi phí, phù hợp với đơn vị nhỏ.
• Nhược điểm: Dễ trôi email, mất kiểm soát khi có nhiều nhà cung cấp; thiếu khả năng lọc, phân loại theo tiêu chí kế toán.

Cách 2 – Lưu trữ hóa đơn trong folder máy tính hoặc đám mây

Một số đơn vị tải hóa đơn về và phân loại theo tháng/năm hoặc theo nhà cung cấp, lưu trữ trong các thư mục riêng trên máy tính hoặc Google Drive, Dropbox…

• Ưu điểm: Linh hoạt, dễ thực hiện, không phụ thuộc vào phần mềm.
• Nhược điểm: Dễ bị thất lạc, không đảm bảo định dạng chuẩn (thiếu XML), khó tìm kiếm khi khối lượng lớn.

Cách 3 – In giấy hóa đơn điện tử để lưu

Mặc dù hóa đơn điện tử không cần in ra, nhưng nhiều doanh nghiệp vẫn in bản cứng để lưu song song hoặc phục vụ đối chiếu nội bộ.

• Ưu điểm: Dễ tiếp cận với người quen làm việc trên giấy tờ.
• Nhược điểm: Tốn chi phí, không còn giá trị pháp lý nếu mất file gốc; không đúng tinh thần chuyển đổi số.

Cách 4 – Lập bảng kê hóa đơn trên Excel

Một cách khác là tổng hợp tất cả hóa đơn vào bảng tính Excel: ghi số hóa đơn, ngày, mã số thuế bên bán, số tiền, thuế… để tiện theo dõi.

• Ưu điểm: Phù hợp cho kế toán tổng hợp, dễ tính toán, lập báo cáo.
• Nhược điểm: Cần kiểm tra đối chiếu thủ công, dễ sai sót khi nhập liệu, không kiểm soát được file gốc.

Cách 5 – Sử dụng phần mềm quản lý hóa đơn điện tử

Đây là giải pháp chuyên nghiệp và ngày càng được ưa chuộng. Phần mềm có thể tự động:

• Nhận hóa đơn đầu vào từ email hoặc API.
• Kiểm tra hợp lệ hóa đơn (mã số thuế, trạng thái CQT).
• Lưu trữ hóa đơn đúng định dạng chuẩn.
• Đồng bộ với phần mềm kế toán hoặc phần mềm bán hàng.

Ưu điểm: Tự động, chính xác, đảm bảo tuân thủ quy định.
Nhược điểm: Cần đầu tư ban đầu và thời gian làm quen.

Xem thêm: Hướng dẫn xuất hóa đơn dịch vụ ăn uống đúng quy định mới nhất

6. Giải pháp phần mềm hỗ trợ quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả

Trong bối cảnh quy định pháp luật ngày càng chặt chẽ và nhu cầu tự động hóa công việc kế toán – bán hàng ngày càng lớn, phần mềm quản lý hóa đơn điện tử trở thành công cụ không thể thiếu với nhiều doanh nghiệp và hộ kinh doanh. Dưới đây là những lợi ích nổi bật khi sử dụng phần mềm chuyên dụng:

Lưu trữ tập trung, tra cứu nhanh chóng

Phần mềm giúp lưu trữ toàn bộ hóa đơn đầu ra – đầu vào trên hệ thống duy nhất. Người dùng có thể dễ dàng tìm kiếm hóa đơn theo mã số thuế, thời gian, tên nhà cung cấp hoặc số hóa đơn. Điều này đặc biệt hữu ích khi cần đối chiếu công nợ, xử lý sai sót hoặc phục vụ thanh tra thuế.

Kiểm tra tự động tính hợp lệ, hợp pháp của hóa đơn

Một số phần mềm tích hợp chức năng kiểm tra hóa đơn đầu vào theo dữ liệu từ Tổng cục Thuế. Hệ thống sẽ cảnh báo nếu:

• Hóa đơn không hợp lệ (đã bị thu hồi, sai mã số thuế…)
• Hóa đơn trùng lặp
• Hóa đơn không đúng định dạng chuẩn

Nhờ đó, kế toán không cần kiểm tra thủ công từng file, giảm thiểu sai sót và rủi ro thuế.

Tự động đồng bộ dữ liệu với phần mềm bán hàng và kế toán

Phần mềm hiện đại thường tích hợp chặt chẽ với phần mềm bán hàng, máy tính tiền hoặc phần mềm kế toán. Sau khi phát hành hóa đơn, dữ liệu sẽ tự động cập nhật vào hệ thống bán hàng hoặc sổ sách kế toán – không cần nhập lại, tiết kiệm thời gian và công sức cho người sử dụng.

Quản lý phân quyền theo chi nhánh hoặc người dùng

Một số phần mềm hỗ trợ cấu hình theo chi nhánh, giúp người dùng dễ dàng:

• Tách riêng hóa đơn của từng cửa hàng hoặc bộ phận
• Phân quyền xem/sửa/xóa hóa đơn cho từng vai trò
• Kiểm soát chặt chẽ quy trình xuất hóa đơn theo từng khu vực kinh doanh

Hỗ trợ xử lý sai sót theo đúng quy định

Khi phát hiện hóa đơn sai, hệ thống sẽ gợi ý phương án xử lý phù hợp theo quy định hiện hành: điều chỉnh, thay thế, lập biên bản hủy... Nhờ đó, người dùng – đặc biệt là hộ kinh doanh hoặc nhân viên mới – sẽ không bị nhầm lẫn trong nghiệp vụ kế toán.

7. Câu hỏi thường gặp về quy trình quản lý hóa đơn điện tử

Hóa đơn điện tử có cần in ra giấy không?

Không. Hóa đơn điện tử có giá trị pháp lý tương đương hóa đơn giấy và không bắt buộc phải in ra. Tuy nhiên, doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh có thể in bản sao để tiện tra cứu hoặc đối chiếu nội bộ, nhưng bản in này không thay thế giá trị pháp lý của hóa đơn gốc.

Dưới 200.000 đồng có cần xuất hóa đơn không?

Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP, nếu khách hàng không yêu cầu xuất hóa đơn và giá trị thanh toán dưới 200.000 đồng, người bán có thể không cần lập hóa đơn ngay thời điểm bán hàng. Tuy nhiên, cuối mỗi ngày vẫn phải lập bảng kê hóa đơn để tổng hợp các giao dịch đó.

Hóa đơn sai thông tin thì xử lý như thế nào?

Tùy từng trường hợp, có thể xử lý bằng cách:

• Lập hóa đơn điều chỉnh (khi đã gửi và kê khai thuế)
• Lập biên bản hủy và xuất lại hóa đơn mới (nếu chưa kê khai thuế)
• Không được xóa hoặc thay thế hóa đơn khi đã gửi cho người mua và khai thuế

Việc xử lý sai sót cần có sự thỏa thuận của hai bên và lưu trữ kèm theo đầy đủ biên bản, hóa đơn gốc và hóa đơn điều chỉnh/thay thế.

Có bắt buộc dùng phần mềm mới quản lý được hóa đơn điện tử?

Không bắt buộc, nhưng rất nên sử dụng. Nếu chỉ dùng email, folder, Excel… sẽ tiềm ẩn nhiều rủi ro: mất file, khó tra cứu, nhập liệu sai. Phần mềm giúp quản lý tập trung, tra cứu nhanh và tuân thủ quy định pháp luật tốt hơn, nhất là với đơn vị có lượng hóa đơn lớn hoặc nhiều chi nhánh