Kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót: Hướng dẫn chi tiết theo quy định mới 2025

Trong quá trình kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT), không ít doanh nghiệp và hộ kinh doanh gặp tình huống bỏ sót hóa đơn đầu vào do nhiều nguyên nhân như thất lạc chứng từ, ghi nhận sai thời điểm, hoặc thiếu thông tin từ nhà cung cấp. Vậy khi phát hiện, có được Kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót không, và phải thực hiện như thế nào để đúng quy định? Bài viết dưới đây, Sapo sẽ giúp bạn nắm rõ cách xử lý theo Luật Thuế GTGT sửa đổi từ 01/07/2025 và các văn bản liên quan mới nhất.

1. Có được kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót không?

Câu trả lời là CÓ, nhưng cần phân biệt rõ theo từng tình huống:

• Nếu hóa đơn đầu vào bị bỏ sót nhưng vẫn còn trong thời hạn kê khai, doanh nghiệp có thể kê khai ngay trong kỳ hiện tại.
• Nếu phát hiện hóa đơn đã quá thời hạn kê khai, thì bắt buộc phải lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ thuế phát sinh ban đầu.

Theo Điều 14 Luật Thuế GTGT và hướng dẫn tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP, việc kê khai bổ sung chỉ được thực hiện nếu chưa hết thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về thuế (thường là 5 năm).

Lưu ý: Trường hợp phát hiện sai sót sau khi đã nộp tờ khai, người nộp thuế cần lập Tờ khai bổ sung trên phần mềm kê khai điện tử (HTKK hoặc eTax).

Xem thêm: [Giải đáp] Mất hóa đơn đầu vào có bị phạt không? Cách xử lý chuẩn năm 2025

2. Thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

Thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào là yếu tố quan trọng quyết định việc bạn có được khấu trừ thuế GTGT hay không. Từ ngày 01/07/2025, theo Luật Thuế GTGT sửa đổi và Nghị định 70/2025/NĐ-CP, các quy định về thời hạn đã được làm rõ hơn:

2.1. Trường hợp kê khai được trong kỳ hiện tại

Doanh nghiệp có thể kê khai hóa đơn đầu vào trong kỳ hiện tại nếu:

• Hóa đơn chưa kê khai thuộc kỳ thuế hiện hành (tháng/quý đang kê khai).
• Hóa đơn phát sinh gần đây, nhưng chưa nộp tờ khai.

Ví dụ: Hóa đơn đầu vào ngày 05/06/2025, đến ngày 20/06/2025 mới phát hiện. Nếu chưa nộp tờ khai tháng 6, bạn vẫn kê khai bình thường trong kỳ này.

2.2. Trường hợp phải khai bổ sung kỳ cũ

Nếu hóa đơn đầu vào bị bỏ sót đã qua kỳ kê khai (đã nộp tờ khai tháng/quý), bắt buộc phải thực hiện tờ khai bổ sung cho kỳ phát sinh:

• Tờ khai bổ sung phải thể hiện rõ nội dung điều chỉnh (mục tăng/giảm thuế GTGT được khấu trừ).
• Phải nộp kèm văn bản giải trình, bảng kê hóa đơn điều chỉnh và biên bản làm việc (nếu có).

Ví dụ: Hóa đơn ngày 15/03/2025 nhưng đến tháng 6/2025 mới phát hiện chưa kê khai → Phải lập tờ khai bổ sung cho kỳ tháng 3.

Ghi nhớ: Bạn chỉ được khai bổ sung trong vòng 5 năm trở lại, tính từ thời điểm phát sinh sai sót. Quá thời hạn này, cơ quan thuế sẽ không chấp nhận hồ sơ khấu trừ.

Xem thêm: Cách lưu hóa đơn điện tử đúng chuẩn, dễ quản lý và an toàn

3. Rủi ro và mức phạt nếu bỏ sót hóa đơn đầu vào

Việc bỏ sót hóa đơn đầu vào không chỉ khiến doanh nghiệp mất quyền khấu trừ thuế GTGT mà còn tiềm ẩn nguy cơ bị xử phạt về thuế nếu không xử lý đúng cách. Dưới đây là những rủi ro phổ biến:

3.1. Mất quyền khấu trừ thuế GTGT

Nếu quá thời hạn kê khai và không kịp khai bổ sung, số thuế GTGT ghi trên hóa đơn đầu vào sẽ không được khấu trừ. Điều này làm tăng chi phí thuế phải nộp, ảnh hưởng đến dòng tiền của doanh nghiệp.

Ví dụ: Hóa đơn giá trị 100 triệu đồng, thuế GTGT 10%, doanh nghiệp sẽ mất 10 triệu tiền thuế được khấu trừ nếu để sót và quá hạn.

3.2. Bị xử phạt hành chính về thuế

Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, mức phạt hành vi khai sai, khai thiếu thuế có thể lên tới:

• Phạt tiền từ 10% đến 20% số thuế khai thiếu (nếu có).
• Phạt chậm nộp tiền thuế: 0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp.
• Trong một số trường hợp nghiêm trọng, có thể bị xử lý hình sự nếu chứng minh được có dấu hiệu trốn thuế.

3.3. Tăng rủi ro khi thanh tra, kiểm tra thuế

Việc bỏ sót nhiều hóa đơn đầu vào có thể bị đánh giá là thiếu trung thực, dẫn đến doanh nghiệp bị xếp vào nhóm rủi ro cao – thường xuyên bị thanh tra thuế, gây phiền phức và tốn thời gian xử lý sau này.

Lời khuyên: Nên thường xuyên đối chiếu hóa đơn mua vào – sổ kế toán – tờ khai thuế để phát hiện sớm các hóa đơn bị sót. Sử dụng phần mềm quản lý hóa đơn điện tử tích hợp sẽ giúp giảm thiểu tối đa các sai sót này.

4. Hướng dẫn kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào

Khi phát hiện hóa đơn đầu vào bị bỏ sót sau khi đã nộp tờ khai, bạn cần tiến hành lập tờ khai bổ sung đúng quy trình để được cơ quan thuế chấp nhận. Dưới đây là các bước thực hiện chi tiết:

4.1. Hồ sơ cần chuẩn bị

Trước khi bắt đầu kê khai bổ sung, bạn cần chuẩn bị các tài liệu sau:

• Bản sao hóa đơn đầu vào bị bỏ sót (có đầy đủ thông tin, không sai lệch).
• Tờ khai thuế GTGT kỳ gốc (kỳ đã nộp).
• Tờ khai bổ sung – mẫu 01/KHBS ban hành theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.
• Văn bản giải trình khai bổ sung (theo mẫu hoặc tự trình bày).
• Bảng kê chi tiết các hóa đơn đầu vào điều chỉnh.

4.2. Cách kê khai trên phần mềm HTKK hoặc eTax

Bước 1: Mở phần mềm HTKK hoặc hệ thống eTax → Chọn “Tờ khai bổ sung” theo kỳ cần điều chỉnh
Bước 2: Nhập lại toàn bộ chỉ tiêu tờ khai gốc như đã nộp (cột [Kê khai lần đầu])
Bước 3: Nhập các chỉ tiêu sau điều chỉnh (cột [Điều chỉnh]) – điền phần hóa đơn bị bỏ sót
Bước 4: Hệ thống sẽ tự tính ra mức chênh lệch thuế GTGT được khấu trừ hoặc phải nộp thêm
Bước 5: In tờ khai, văn bản giải trình và nộp kèm qua cổng thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp

4.3. Lưu ý khi điều chỉnh số liệu thuế GTGT

• Tờ khai bổ sung không làm thay đổi kỳ kê khai hiện tại mà chỉ điều chỉnh kỳ gốc.
• Nếu làm tăng thuế GTGT được khấu trừ → kê khai số tăng vào kỳ hiện tại.
• Nếu làm tăng thuế GTGT phải nộp → phải nộp thêm và có thể bị tính lãi chậm nộp.

Gợi ý: Một số phần mềm hóa đơn điện tử như Sapo Invoice hiện nay có tính năng phát hiện hóa đơn chưa kê khai và cảnh báo tự động – giúp doanh nghiệp chủ động xử lý sớm, tránh bị phạt.

Xem thêm: Thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào và hướng dẫn xử lý khi kê khai sai hoặc muộn

5. Mẫu tờ khai bổ sung và cách điền

Khi thực hiện điều chỉnh hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, doanh nghiệp cần sử dụng Mẫu số 01/KHBS – Tờ khai bổ sung thuế GTGT, được ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.

5.1. Tải mẫu tờ khai bổ sung ở đâu?

Bạn có thể tải mẫu trên:

• Website của Tổng cục Thuế: https://etax.gdt.gov.vn
• Phần mềm HTKK phiên bản mới nhất
• Các phần mềm kế toán có hỗ trợ chức năng kê khai thuế

5.2. Cách điền mẫu tờ khai bổ sung 01/KHBS

5.3. Đính kèm văn bản giải trình và bảng kê hóa đơn

• Văn bản giải trình: Mô tả rõ lý do bổ sung, nội dung hóa đơn, ảnh hưởng tới tờ khai gốc
• Bảng kê: Liệt kê chi tiết các hóa đơn bị bỏ sót (số hóa đơn, ngày lập, nhà cung cấp, số tiền)

Mẹo: Nên lưu trữ tệp hồ sơ bổ sung theo kỳ riêng biệt để dễ tra cứu về sau và tránh nhầm lẫn khi bị kiểm tra thuế.

Nếu bạn đồng ý, tớ sẽ viết tiếp phần 6: Cập nhật mới theo Nghị định 70/2025 và Luật Thuế GTGT sửa đổi nhé!

6. Cập nhật mới theo Nghị định 70/2025 và Luật Thuế GTGT sửa đổi

Từ ngày 01/07/2025, Luật Thuế GTGT sửa đổi và Nghị định 70/2025/NĐ-CP chính thức có hiệu lực, mang đến một số thay đổi quan trọng liên quan đến việc kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót. Người nộp thuế cần đặc biệt lưu ý để thực hiện đúng, tránh bị loại chi phí và xử phạt.

6.1. Các điểm thay đổi quan trọng

• Không cần kê khai hóa đơn đầu vào nếu không phát sinh khấu trừ
  Một số hóa đơn không liên quan đến chi phí khấu trừ thuế GTGT có thể không cần kê khai, nhưng vẫn phải lưu trữ và phục vụ quyết toán thuế.
• Rút ngắn thời hạn kê khai
  Thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào hiện được quy định rõ hơn, theo hướng rút gọn, buộc doanh nghiệp chủ động rà soát thường xuyên.
• Bổ sung công cụ tra soát hóa đơn trên hệ thống thuế
  Cơ quan thuế cung cấp thêm tiện ích tra cứu hóa đơn hợp lệ, giúp doanh nghiệp kiểm tra tình trạng hóa đơn đầu vào kịp thời.

6.2. Hành vi bị nghiêm cấm khi kê khai khấu trừ thuế

Theo quy định mới, người nộp thuế không được khấu trừ hoặc kê khai bổ sung với những hóa đơn có các dấu hiệu sau:

• Hóa đơn không có giao dịch thực tế, hóa đơn khống
• Hóa đơn của bên bỏ trốn, ngừng hoạt động nhưng không khai báo
• Hóa đơn quá thời hạn kê khai nhưng vẫn cố tình đưa vào khấu trừ
• Cố tình kê khai trùng hóa đơn ở nhiều kỳ khác nhau

Lưu ý quan trọng: Những hành vi trên nếu bị phát hiện có thể bị xử phạt từ 20 triệu đến 100 triệu đồng, kèm theo biện pháp khắc phục hậu quả như loại chi phí và truy thu thuế.

7. Giải đáp nhanh một số thắc mắc phổ biến

Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót có được kê khai khấu trừ không?

Có, nếu chưa quá thời hạn kê khai và vẫn còn trong thời hiệu xử lý khai bổ sung (tối đa 5 năm). Nếu quá hạn, sẽ không được khấu trừ thuế GTGT.

Không kê khai hóa đơn đầu vào có bị phạt không?

Có thể bị xử phạt hành chính nếu kê khai thiếu thuế GTGT đầu vào được khấu trừ hoặc kê khai sai gây ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế.

Kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào có phải nộp phạt không?

Nếu phát hiện sớm và tự kê khai bổ sung trước khi cơ quan thuế thanh kiểm tra thì thường không bị phạt. Ngược lại, nếu cơ quan thuế phát hiện → có thể bị xử phạt và truy thu thuế.

Có được kê khai bổ sung nhiều hóa đơn trong một lần không?

Có. Bạn có thể lập 1 tờ khai bổ sung cho nhiều hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, miễn là chúng cùng thuộc một kỳ tính thuế.

Phát hiện hóa đơn bị bỏ sót sau 1 năm thì sao?

Vẫn có thể khai bổ sung nếu chưa hết thời hiệu (5 năm), nhưng cần lưu ý rằng càng để lâu, rủi ro bị thanh tra thuế càng cao.

Sử dụng phần mềm nào để hỗ trợ đối chiếu hóa đơn đầu vào?

Các phần mềm như Sapo Invoice có tính năng đối chiếu hóa đơn, giúp phát hiện hóa đơn chưa kê khai hoặc trùng lặp, rất hữu ích cho kế toán doanh nghiệp.

Việc kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót là tình huống dễ gặp trong quá trình làm kế toán, nhưng nếu được xử lý đúng cách và đúng thời điểm, bạn hoàn toàn có thể bổ sung mà không bị xử phạt, thậm chí vẫn được khấu trừ thuế GTGT hợp lệ. Điều quan trọng là cần nắm chắc quy định mới từ 01/07/2025, theo dõi sát sao các kỳ kê khai, và chủ động phát hiện sai sót càng sớm càng tốt.

Gợi ý dành cho doanh nghiệp và hộ kinh doanh nhỏ:

Để hạn chế sai sót và tiết kiệm thời gian đối chiếu thủ công, bạn nên sử dụng phần mềm hỗ trợ quản lý hóa đơn đầu vào – đầu ra. Với Sapo Invoice, bạn có thể:

• Tự động kiểm tra hóa đơn đầu vào đã kê khai hay chưa

• Nhận cảnh báo nếu phát hiện hóa đơn bị trùng, sai sót

• Kết nối dữ liệu đồng bộ với phần mềm bán hàng – không cần nhập tay

• Dễ dàng lập tờ khai thuế, phát hành hóa đơn, lưu trữ an toàn