Thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào và hướng dẫn xử lý khi kê khai sai hoặc muộn

Theo quy định mới nhất tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP, thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào đang là nội dung quan trọng mà hộ kinh doanh và chủ doanh nghiệp nhỏ cần đặc biệt lưu ý để tránh sai sót và bị xử phạt không đáng có. Vậy thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào là bao lâu? Nếu phát hiện kê khai sai hoặc muộn thì phải xử lý ra sao? Bài viết dưới đây sẽ giúp bạn hiểu đúng – kê khai đúng – tránh rủi ro, đồng thời cung cấp hướng dẫn chi tiết và ví dụ thực tế để dễ dàng áp dụng trong công việc.

1. Hóa đơn đầu vào là gì?

Hóa đơn đầu vào là loại hóa đơn do người bán cung cấp cho người mua khi phát sinh hoạt động mua hàng hóa, dịch vụ – và sẽ được doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh kê khai để tính chi phí hoặc khấu trừ thuế (nếu đủ điều kiện).

Một số đặc điểm của hóa đơn đầu vào:

• Là căn cứ ghi nhận chi phí đầu vào trong kế toán và quyết toán thuế.
• Có thể là hóa đơn GTGT, hóa đơn bán hàng, hoặc hóa đơn từ máy tính tiền.
• Người nhận hóa đơn có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ, hợp pháp và kê khai đúng kỳ thuế.

Ai cần kê khai hóa đơn đầu vào?

• Doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ – kê khai để được khấu trừ thuế.
• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh – kê khai để tính chi phí hợp lý, dù không được khấu trừ thuế GTGT.
• Các tổ chức khác có sử dụng hóa đơn để xác định nghĩa vụ thuế.

2. Thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào mới nhất

1. Doanh nghiệp kê khai theo tháng hoặc theo quý

Thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào phụ thuộc vào chu kỳ kê khai thuế GTGT của từng doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh. Cụ thể:

• Nếu kê khai theo tháng: Hạn cuối là ngày 20 của tháng kế tiếp.
• Nếu kê khai theo quý: Hạn cuối là ngày 30 của tháng đầu quý sau.

Ví dụ:

• Doanh nghiệp kê khai theo tháng, mua hàng trong tháng 5/2025 → phải kê khai chậm nhất ngày 20/6/2025.
• Nếu kê khai theo quý, phát sinh hóa đơn trong quý II/2025 → kê khai chậm nhất ngày 30/7/2025.

2. Căn cứ pháp lý về thời hạn kê khai

• Khoản 1, Điều 44 – Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 quy định thời hạn nộp hồ sơ khai thuế GTGT.
• Điều 13, Nghị định 123/2020/NĐ-CP hướng dẫn về hóa đơn điện tử và thời điểm lập hóa đơn.
• Nghị định 70/2025/NĐ-CP cập nhật thêm nghĩa vụ sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền với hộ cá nhân kinh doanh (bán hàng trực tiếp >1 tỷ/năm) – ảnh hưởng đến cách và thời hạn kê khai.

3. Lưu ý về thời điểm lập hóa đơn và kê khai

• Không phải cứ nhận hóa đơn là kê khai được ngay: Phải căn cứ vào thời điểm lập hóa đơn và thời điểm hàng hóa/dịch vụ hoàn thành để xác định kỳ kê khai phù hợp.
• Trường hợp nhận hóa đơn muộn: Vẫn được kê khai bổ sung (sẽ hướng dẫn chi tiết ở phần sau).

Bảng tóm tắt thời hạn kê khai

(*) Đối với hộ kinh doanh bắt buộc dùng máy tính tiền theo Nghị định 70, vẫn phải tổng hợp dữ liệu đầu ra để kê khai thuế định kỳ – nhưng hóa đơn không thể sửa/hủy sau khi lập.

3. Phân loại thời hạn kê khai theo loại hóa đơn

Không phải loại hóa đơn nào cũng có thời hạn kê khai giống nhau. Dưới đây là phân loại chi tiết giúp bạn xác định đúng hạn kê khai cho từng loại hóa đơn đầu vào phổ biến:

Hóa đơn điện tử thông thường

• Áp dụng cho đa số giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ thông thường.
• Thời hạn kê khai: theo tháng hoặc quý tùy thuộc vào kỳ kê khai thuế GTGT.
• Lưu ý: Nếu nhận hóa đơn chậm (sau khi kỳ kê khai kết thúc), vẫn được kê khai bổ sung ở kỳ sau – miễn là chưa bị cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.

Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền

• Áp dụng cho hộ, cá nhân kinh doanh bán lẻ trực tiếp đến người tiêu dùng, có doanh thu trên 1 tỷ/năm (theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP).
• Không cần kê khai từng hóa đơn đầu vào, nhưng cần tổng hợp số liệu vào tờ khai thuế định kỳ.
• Lưu ý quan trọng:
  • Hóa đơn từ máy tính tiền không thể sửa/hủy sau khi lập.
  • Nếu có sai sót → phải ghi nhận riêng trong sổ kế toán và báo cáo thuế.

Hóa đơn đặc thù (điện, nước, viễn thông, vận chuyển…)

• Những loại hóa đơn này thường có chu kỳ cố định (ví dụ: ngày 1–5 hàng tháng).
• Thời điểm lập hóa đơn thường chậm hơn thời điểm sử dụng dịch vụ.
• Doanh nghiệp vẫn kê khai theo kỳ thuế GTGT, căn cứ theo ngày lập hóa đơn, không phải ngày sử dụng dịch vụ.

Ví dụ: Hóa đơn tiền điện tháng 5 lập ngày 3/6 → kê khai vào kỳ tháng 6 (nếu kê khai theo tháng).

4. Trường hợp kê khai muộn – được không và xử lý ra sao?

Không ít doanh nghiệp và hộ kinh doanh rơi vào tình huống quên kê khai hóa đơn đầu vào đúng kỳ, hoặc phát hiện sai sót sau khi đã nộp tờ khai thuế. Vậy có được kê khai bổ sung không? Xử lý thế nào để không bị mất quyền khấu trừ thuế hoặc bị phạt?

Kê khai muộn hóa đơn đầu vào – có được không?

Được, nhưng phải tuân thủ 2 nguyên tắc quan trọng:

1. Chưa bị cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra tại thời điểm phát hiện sai sót.
2. Việc kê khai bổ sung phải thực hiện trong thời hạn 5 năm kể từ thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế (theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14).

Lưu ý: Nếu kê khai bổ sung sau khi đã bị thanh tra thuế thì:

• Không được khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn đó.
• Nhưng vẫn phải kê khai để hạch toán chi phí nếu đủ điều kiện.

Các trường hợp kê khai bổ sung phổ biến

1. Chưa kê khai hóa đơn đầu vào – phát hiện sau

• Lập tờ khai bổ sung cho kỳ phát sinh hóa đơn (không được kê khai vào kỳ hiện tại).

• Kèm theo bản giải trình mẫu 01/KHBS (nếu có chênh lệch nghĩa vụ thuế).

2. Kê khai sai kỳ (ví dụ: kê hóa đơn tháng 5 vào tháng 6)

• Vẫn kê khai lại đúng kỳ gốc và nộp bổ sung.

• Không cần điều chỉnh nếu không ảnh hưởng nghĩa vụ thuế.

3. Đã kê khai nhưng ghi sai số tiền, sai thuế suất

• Phải lập hóa đơn điều chỉnh hoặc lập lại hóa đơn, tùy mức độ sai sót.

• Đồng thời kê khai bổ sung trên phần mềm thuế điện tử.

Hướng dẫn kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào

Những rủi ro nếu không kê khai đúng hoặc chậm

• Mất quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
• Không được tính vào chi phí hợp lý khi quyết toán thuế TNDN.
• Bị phạt hành chính theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP (phạt từ 8–15 triệu đồng với hành vi khai sai, khai không đầy đủ nghĩa vụ thuế).

5. Những lỗi thường gặp khi kê khai hóa đơn đầu vào

Việc kê khai hóa đơn đầu vào tưởng đơn giản nhưng lại dễ mắc sai sót nếu không kiểm tra kỹ hoặc thiếu kinh nghiệm. Dưới đây là các lỗi phổ biến nhất mà kế toán viên và chủ hộ kinh doanh thường gặp phải:

Kê khai sai kỳ thuế

• Lỗi này rất phổ biến khi kế toán mới hoặc nhận hóa đơn muộn.
• Hóa đơn lập tháng 4 nhưng lại kê vào tháng 5/quý 2 → phải kê khai bổ sung đúng kỳ.
• Cách tránh: Luôn đối chiếu ngày lập hóa đơn với kỳ kê khai thực tế.

Kê khai sót hóa đơn đầu vào có giá trị nhỏ

• Nhiều kế toán bỏ qua hóa đơn dưới 200.000đ do tưởng không cần kê khai.
• Thực tế: vẫn phải kê khai, trừ khi khách không lấy hóa đơn và có ghi chú đầy đủ.
• Cách tránh: Có checklist hóa đơn đầu vào hàng kỳ, không phân biệt giá trị.

Sai mã số thuế, tên doanh nghiệp hoặc địa chỉ

• Nếu hóa đơn ghi sai thông tin người mua (mã số thuế/tên doanh nghiệp), có thể bị từ chối khấu trừ thuế.
• Cách xử lý: Liên hệ bên bán để lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thu hồi hóa đơn cũ.

Kê khai cả hóa đơn không hợp lệ

• Ví dụ: Hóa đơn khống, hóa đơn không đúng thực tế giao dịch.
• Khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện → doanh nghiệp có thể bị truy thu và phạt.
• Cách tránh: Chỉ kê khai hóa đơn có đủ 3 yếu tố: hợp pháp – hợp lý – hợp lệ.

Không kê khai kịp thời hóa đơn có hạn dùng (điện, nước, dịch vụ định kỳ)

• Một số hóa đơn đặc thù có chu kỳ tháng – quý dễ bị quên hoặc sót.
• Cách khắc phục: Thiết lập lịch nhắc kiểm tra hóa đơn định kỳ.

6. Cách tra cứu và kiểm soát thời hạn kê khai hiệu quả

Việc nắm rõ thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào là chưa đủ – điều quan trọng hơn là phải kiểm soát chặt và hạn chế tối đa các sai sót có thể xảy ra trong quá trình thực hiện. Dưới đây là một số cách giúp bạn chủ động hơn trong việc theo dõi và kê khai đúng hạn:

1. Sử dụng phần mềm kế toán – hóa đơn điện tử

• Các phần mềm như Sapo Invoice, MISA, HTKK, eTax… đều hỗ trợ:
  • Tự động tổng hợp hóa đơn theo kỳ.
  • Cảnh báo hóa đơn chưa kê khai hoặc sai thông tin.
  • Xuất báo cáo kê khai định kỳ nhanh chóng.
• Ưu điểm: Giảm sai sót thủ công, tiết kiệm thời gian và dễ tra cứu khi cần đối soát.

2. Thiết lập lịch nhắc và kiểm tra định kỳ

• Dù sử dụng phần mềm hay thủ công, kế toán nên có checklist riêng cho từng kỳ kê khai:
  • Đối chiếu ngày lập hóa đơn với ngày nhận.
  • Kiểm tra số lượng – giá trị – mã số thuế – thông tin đơn vị bán.
  • Xác nhận hóa đơn đã kê khai hay chưa.
• Có thể đặt lịch nhắc bằng Google Calendar, Excel, hoặc ứng dụng việc làm (như Notion, Trello...).

3. Lưu trữ hóa đơn điện tử đúng định dạng và phân loại

• Nên lưu hóa đơn điện tử:
  • Theo tháng/quý
  • Theo loại hóa đơn (GTGT, bán hàng, máy tính tiền…)
• Định dạng nên dùng: XML (dữ liệu gốc), PDF (đối chiếu dễ), và bảng kê Excel.
• Khi cần bổ sung hoặc giải trình, chỉ cần tra cứu nhanh theo file, hạn chế sai sót.

4. Chủ động rà soát hóa đơn trước kỳ kê khai

• Trước mỗi kỳ hạn kê khai, nên rà lại toàn bộ hóa đơn đầu vào của kỳ:
  • Có hóa đơn nào mới được gửi đến chưa kê?
  • Có hóa đơn nào kê sai kỳ trước cần điều chỉnh?
  • Có hóa đơn nào không hợp lệ cần xử lý?

7. Câu hỏi thường gặp về kê khai hóa đơn đầu vào

1. Có được kê khai hóa đơn đầu vào muộn không?

Có. Bạn được phép kê khai hóa đơn đầu vào muộn nếu:

• Hóa đơn chưa được kê khai trong kỳ gốc.
• Chưa bị thanh tra, kiểm tra thuế tại thời điểm phát hiện sai sót.
• Phải lập tờ khai bổ sung đúng kỳ gốc phát sinh.

2. Hóa đơn dưới 200.000 đồng có cần kê khai không?

Có, nếu khách hàng có yêu cầu xuất hóa đơn.

Nếu khách không lấy hóa đơn và giao dịch dưới 200.000đ:

Bạn không cần lập hóa đơn, nhưng phải ghi rõ vào bảng kê bán lẻ theo quy định.

3. Kê khai nhầm kỳ thì có sao không?

Có. Bạn cần:

• Lập tờ khai bổ sung để điều chỉnh về đúng kỳ.
• Nếu kê nhầm kỳ nhưng không ảnh hưởng nghĩa vụ thuế → không bị phạt, nhưng vẫn phải kê khai lại đúng.

4. Hóa đơn đầu vào lập tháng trước nhưng nhận tháng sau thì kê khai thế nào?

• Vẫn kê khai theo kỳ của hóa đơn, không phải theo ngày nhận.
• Trường hợp nhận muộn → phải kê khai bổ sung đúng kỳ khi phát sinh.

5. Kê khai thiếu hóa đơn đầu vào có bị phạt không?

• Nếu không ảnh hưởng nghĩa vụ thuế → thường không bị xử phạt, nhưng có thể mất quyền khấu trừ.
• Nếu ảnh hưởng đến số thuế phải nộp → có thể bị xử lý theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

6. Có được kê khai hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền không?

• Hóa đơn từ máy tính tiền không kê khai như thông thường, không điều chỉnh được.
• Người bán chỉ tổng hợp số liệu vào kỳ khai thuế định kỳ.
• Nếu sai → chỉ được ghi nhận điều chỉnh trong sổ kế toán, không hủy, không sửa