Trong quá trình kê khai thuế, việc phát sinh sai sót trên tờ khai thuế GTGT là điều khá phổ biến, từ nhập nhầm số liệu, bỏ sót hóa đơn đến kê khai sai thuế suất hoặc nhầm kỳ tính thuế. Nếu không xử lý đúng cách, những sai sót này có thể dẫn đến truy thu thuế, tiền chậm nộp và các rủi ro pháp lý không mong muốn. Bài viết dưới đây sẽ hướng dẫn chi tiết cách bổ sung, điều chỉnh tờ khai thuế GTGT theo đúng quy định, giúp kế toán và chủ doanh nghiệp xác định khi nào cần kê khai bổ sung, sửa chỉ tiêu nào và xử lý chênh lệch ra sao để hạn chế tối đa rủi ro về thuế.
1. Khi nào phải bổ sung, điều chỉnh tờ khai thuế GTGT?
Theo mẫu tờ khai thuế GTGT ban hành kèm Thông tư 80/2021/TT-BTC, tờ khai gồm 23 chỉ tiêu, đánh số từ [21] đến [43].
Trong quá trình lập tờ khai, nếu doanh nghiệp phát hiện sai sót tại một số chỉ tiêu nhất định, kế toán cần thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh theo đúng quy định. Cụ thể như sau:

Trường hợp 1: Sai chỉ tiêu [22] – Thuế GTGT còn được khấu trừ kỳ trước chuyển sang
Đây là chỉ tiêu phản ánh số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của kỳ trước. Nếu nhập sai số liệu, doanh nghiệp phải lập tờ khai bổ sung để điều chỉnh lại cho đúng.
Trường hợp 2: Sai các chỉ tiêu [23], [24], [25] – Thuế GTGT đầu vào
Bao gồm:
- Giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào
- Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào
- Số thuế GTGT được khấu trừ trong kỳ
Những sai sót này thường phát sinh do kê khai nhầm, thiếu hoặc sai hóa đơn đầu vào.
Trường hợp 3: Sai các chỉ tiêu từ [26] đến [35] – Thuế GTGT đầu ra
Các chỉ tiêu này phản ánh:
- Giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra
- Thuế GTGT phải nộp theo từng mức thuế suất
Sai sót thường do kê khai thiếu, thừa hoặc nhầm hóa đơn bán ra.
Trường hợp 4: Sai chỉ tiêu [37], [38] – Thuế GTGT điều chỉnh
- [37]: Điều chỉnh giảm số thuế GTGT
- [38]: Điều chỉnh tăng số thuế GTGT
Nguyên nhân phổ biến là kế toán nhập sai số thuế GTGT cần điều chỉnh từ các tờ khai bổ sung của kỳ trước sang kỳ hiện tại.
Trường hợp 5: Các chỉ tiêu không được nhập tay trên HTKK
Bao gồm: [28], [35], [36], [39a], [40a], [40], [41], [43] (được phần mềm HTKK hiển thị bằng màu xanh).
Đây là các chỉ tiêu tự động tính toán, người nộp thuế không được chỉnh sửa trực tiếp. Khi cần điều chỉnh, kế toán phải sửa các chỉ tiêu gốc thuộc 4 trường hợp trên, phần mềm sẽ tự động cập nhật lại các chỉ tiêu liên quan.
Lưu ý khi kê khai bổ sung thuế GTGT
- Sai chỉ tiêu nào thì điều chỉnh đúng chỉ tiêu đó (trừ các chỉ tiêu tự động tính).
- Sau khi lập tờ khai bổ sung, kế toán cần tổng hợp phần chênh lệch ảnh hưởng đến số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau để kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại.
- Thực hiện kê khai bổ sung sớm giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro bị xử phạt hành chính về thuế.
Xem thêm: Chính sách giảm thuế VAT 2025 – Ai được hưởng? Cập nhật mới nhất
2. Căn cứ pháp lý cần biết khi bổ sung, điều chỉnh tờ khai thuế GTGT
- Thông tư 219/2013/TT-BTC: Hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng
- Thông tư 156/2013/TT-BTC: Hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ
- Nghị định 126/2020/NĐ-CP; Quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế
- Luật Quản lý thuế số: 38/2019/QH14.
3. Hướng dẫn từng bước lập tờ khai bổ sung thuế GTGT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC
Để kế toán doanh nghiệp dễ hình dung và áp dụng đúng cách kê khai bổ sung, điều chỉnh tờ khai thuế GTGT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, dưới đây là hướng dẫn chi tiết theo từng bước, minh họa bằng một trường hợp thực tế.
Ví dụ minh họa
Công ty TNHH Thái Bình kê khai thuế GTGT theo tháng, áp dụng phương pháp khấu trừ. Doanh nghiệp đã nộp tờ khai thuế GTGT tháng 01/2025 vào ngày 19/02/2025. Đến ngày 28/05/2025, kế toán phát hiện tờ khai tháng 01/2025 bị sai do nhầm lẫn số học, dẫn đến sai lệch một số chỉ tiêu đầu vào và đầu ra.
Các chỉ tiêu bị sai gồm: thuế GTGT khấu trừ kỳ trước chuyển sang, thuế GTGT hàng hóa dịch vụ mua vào, thuế GTGT được khấu trừ kỳ này, doanh thu và thuế GTGT của hàng hóa dịch vụ bán ra chịu thuế suất 10%.
Kế toán cần thực hiện kê khai bổ sung cho kỳ tháng 01/2025 theo các bước dưới đây.
Bước 1. Chọn đúng loại tờ khai thuế GTGT cần bổ sung
Trên phần mềm HTKK hoặc hệ thống kê khai tương ứng, kế toán chọn:
Tờ khai thuế GTGT khấu trừ (mẫu 01/GTGT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC).
Việc chọn đúng loại tờ khai là điều kiện bắt buộc để hệ thống cho phép kê khai bổ sung.

Bước 2. Chọn đúng kỳ tính thuế bị sai
Kế toán xác định chính xác kỳ tính thuế có sai sót đã nộp trước đó. Trong ví dụ này, kỳ cần bổ sung là tháng 01/2025, do đó cần chọn lại đúng kỳ này để lập tờ khai bổ sung.
Bước 3. Chọn trạng thái “tờ khai bổ sung”
Sau khi tờ khai lần đầu đã được cơ quan thuế chấp nhận, mọi điều chỉnh phát sinh về sau đều phải chọn trạng thái “tờ khai bổ sung”, không phân biệt thời điểm phát hiện sai sớm hay muộn.
Bước 4. Chọn số lần kê khai bổ sung
Kế toán lựa chọn số lần bổ sung tương ứng:
- Lần đầu bổ sung cho kỳ đó → chọn “lần 1”.
- Nếu đã từng bổ sung trước đó → chọn “lần 2”, “lần 3”…
Trong ví dụ này, đây là lần đầu bổ sung nên chọn lần 1, đồng thời chọn danh mục ngành nghề là hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường.
Ngày kê khai bổ sung được phần mềm tự động lấy theo ngày hiện tại và không được chọn lớn hơn ngày thực tế.

Bước 5. Điều chỉnh các chỉ tiêu bị sai trên tờ khai
Phần mềm sẽ tự động lấy số liệu của tờ khai gần nhất trong cùng kỳ làm dữ liệu mặc định. Kế toán thực hiện điều chỉnh theo các nguyên tắc sau:
- Chỉ điều chỉnh những chỉ tiêu bị sai, không kê khai lại toàn bộ.
- Không nhập số liệu trực tiếp vào các chỉ tiêu tự động tính.
- Không nhập số liệu điều chỉnh vào phụ lục 01-1/KHBS, vì phụ lục này chỉ dùng để giải trình.
Trong ví dụ trên, kế toán nhập lại số đúng cho các chỉ tiêu sai như:
thuế GTGT khấu trừ kỳ trước chuyển sang, thuế GTGT mua vào, thuế GTGT được khấu trừ kỳ này, doanh thu và thuế GTGT của hàng hóa dịch vụ bán ra chịu thuế suất 10%.

Bước 6. Nhập mã giao dịch điện tử tại phụ lục 01/KHBS
Sau khi điều chỉnh xong tờ khai GTGT bổ sung, kế toán chuyển sang tab tờ khai bổ sung (01/KHBS) để nhập mã giao dịch điện tử của tờ khai đã nộp trước đó.
Mã giao dịch có thể tra cứu:
- Trên hệ thống thuế điện tử.
- Trong thông báo tiếp nhận hồ sơ gửi về email doanh nghiệp.
Việc nhập mã giao dịch là thông tin bắt buộc để hồ sơ bổ sung được ghi nhận đầy đủ.
Bước 7. Tổng hợp dữ liệu kê khai bổ sung
Kế toán bấm nút “tổng hợp KHBS” để hệ thống tự động:
- Tổng hợp số liệu lên tờ khai bổ sung 01/KHBS.
- Lập bản giải trình khai bổ sung 01-1/KHBS.
Sau khi tổng hợp thành công, kế toán bấm “ghi” để lưu dữ liệu.
Bước 8. Xác định kết quả điều chỉnh bổ sung
Kết quả điều chỉnh được thể hiện tại phần A của tờ khai 01/KHBS, trong đó cần đặc biệt lưu ý:
- Chỉ tiêu [10]: tăng hoặc giảm số thuế GTGT phải nộp.
- Chỉ tiêu [12]: tăng hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ.
Căn cứ vào hai chỉ tiêu này để xác định nghĩa vụ thuế phát sinh và bước xử lý tiếp theo.
Bước 9. Ghi lý do điều chỉnh cho từng chỉ tiêu
Theo quy định của Thông tư 80, kế toán phải ghi lý do điều chỉnh cho từng chỉ tiêu bị thay đổi trong bản giải trình khai bổ sung 01/KHBS, không được ghi chung một lý do cho toàn bộ sai sót như trước đây.
Bước 10. Kiểm tra và lưu hồ sơ kê khai bổ sung
Sau khi hoàn tất việc giải trình, kế toán kiểm tra lại toàn bộ số liệu, sau đó bấm “ghi” để lưu hồ sơ kê khai bổ sung và đảm bảo dữ liệu được lưu đầy đủ trên hệ thống.
Bước 11. Nộp tờ khai bổ sung lên hệ thống thuế điện tử
Cuối cùng, kế toán đăng nhập vào hệ thống thuế điện tử của cơ quan thuế và nộp tờ khai bổ sung lần 1 của tháng 01/2025, đồng thời lưu lại thông báo tiếp nhận hồ sơ để phục vụ đối chiếu khi cần.
Xem thêm: Hướng dẫn kê khai thuế GTGT theo tờ khai mẫu 01/GTGT chính xác nhất
4. Sau khi kê khai bổ sung: điều chỉnh vào kỳ hiện tại như thế nào?
Sau khi lập tờ khai bổ sung và tổng hợp KHBS, nhiều kế toán dừng lại ở bước nộp hồ sơ mà quên xử lý chênh lệch vào kỳ hiện tại. Đây là nguyên nhân khiến số liệu các kỳ sau bị lệch dù đã kê khai bổ sung đúng.
4.1. Nguyên tắc điều chỉnh chênh lệch
- Tờ khai bổ sung dùng để sửa số liệu của kỳ bị sai.
- Tờ khai GTGT của kỳ hiện tại dùng để phản ánh chênh lệch tăng hoặc giảm sau khi bổ sung.
Việc điều chỉnh này được thực hiện thông qua chỉ tiêu 37 và chỉ tiêu 38 trên tờ khai GTGT của kỳ hiện tại.
4.2. Khi nào điều chỉnh vào chỉ tiêu 38?
Điều chỉnh vào chỉ tiêu 38 – điều chỉnh tăng số thuế GTGT được khấu trừ khi:
- Kê khai bổ sung làm tăng số thuế GTGT được khấu trừ so với tờ khai đã nộp trước đó.
Lưu ý: Trường hợp này không phát sinh nghĩa vụ nộp thêm thuế, nhưng nếu không điều chỉnh vào chỉ tiêu 38 thì số thuế được khấu trừ ở các kỳ sau sẽ bị thiếu.
4.3. Khi nào điều chỉnh vào chỉ tiêu 37?
Điều chỉnh vào chỉ tiêu 37 – điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ khi:
- Kê khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT được khấu trừ.
- Hoặc làm tăng số thuế phải nộp do giảm khấu trừ.
Trong trường hợp này, doanh nghiệp có thể phải nộp bổ sung tiền thuế và tiền chậm nộp nếu việc kê khai bổ sung thực hiện sau thời hạn nộp tờ khai của kỳ bị sai.
4.4. Lưu ý quan trọng khi điều chỉnh 37 – 38
Khi thực hiện điều chỉnh vào kỳ hiện tại, kế toán cần lưu ý:
- Chỉ điều chỉnh đúng số chênh lệch đã được xác định trên tờ khai bổ sung 01/KHBS.
- Không cộng gộp nhiều kỳ nếu chưa có căn cứ rõ ràng.
- Luôn đối chiếu lại số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau để đảm bảo số liệu không bị lệch.
Việc xử lý đúng chỉ tiêu 37 và 38 giúp đảm bảo chuỗi số liệu thuế GTGT giữa các kỳ được liền mạch và chính xác, tránh rủi ro bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình về sau.
Xem thêm: [Chi tiết] Mức phạt chậm nộp tờ khai thuế GTGT, TNCN, TNDN
5. Trường hợp đặc biệt: kê khai bổ sung sau khi bị thanh tra, kiểm tra thuế
Không phải lúc nào người nộp thuế cũng phát hiện sai sót trước khi cơ quan thuế vào cuộc. Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp chỉ nhận ra lỗi khi đã có quyết định thanh tra, kiểm tra thuế. Đây là tình huống nhạy cảm và cần xử lý đúng để tránh rủi ro pháp lý.
5.1. Có được kê khai bổ sung khi đã có quyết định thanh tra, kiểm tra không?
Theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14, người nộp thuế vẫn có quyền kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế kể cả khi cơ quan thuế đã ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở.
Tuy nhiên, việc kê khai bổ sung trong giai đoạn này không còn hoàn toàn chủ động mà sẽ chịu sự xem xét và đánh giá của cơ quan thuế.
5.2. Kê khai bổ sung sau thanh tra được chấp nhận trong trường hợp nào?
Sau khi cơ quan thuế đã ban hành kết luận thanh tra, kiểm tra, việc kê khai bổ sung được xử lý theo các nguyên tắc sau:
- Trường hợp kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp, làm giảm số thuế được khấu trừ, hoặc làm giảm số thuế được hoàn, thì vẫn được chấp nhận nhưng có thể bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.
- Trường hợp người nộp thuế phát hiện sai sót và việc kê khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được khấu trừ, được hoàn, thì việc xử lý sẽ thực hiện theo cơ chế khiếu nại về thuế, không áp dụng quy trình kê khai bổ sung thông thường.
Nói cách khác, sau thanh tra, việc kê khai bổ sung chỉ thuận lợi khi làm tăng nghĩa vụ thuế, còn các trường hợp có lợi cho người nộp thuế sẽ bị kiểm soát chặt chẽ hơn.
5.3. Lưu ý quan trọng để hạn chế rủi ro
Khi doanh nghiệp rơi vào giai đoạn thanh tra, kiểm tra thuế, kế toán cần lưu ý:
- Không tự ý kê khai bổ sung nếu chưa xác định rõ phạm vi thanh tra và nội dung sai sót.
- Chủ động chuẩn bị hồ sơ, chứng từ để giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu.
- Trường hợp phát hiện sai sót làm tăng nghĩa vụ thuế, nên chủ động kê khai bổ sung sớm để thể hiện tinh thần tuân thủ và hạn chế mức xử phạt.
Trong thực tế, việc kê khai bổ sung trước khi bị thanh tra luôn là phương án an toàn và ít rủi ro hơn cho doanh nghiệp so với xử lý sau khi đã có kết luận.
6. Câu hỏi thường gặp về kê khai bổ sung, điều chỉnh tờ khai thuế GTGT
Câu 1. Bỏ sót hóa đơn đầu vào của kỳ trước có được kê khai bổ sung không?
Nếu hóa đơn đầu vào của kỳ trước chưa từng được kê khai và vẫn còn trong thời hạn khấu trừ, kế toán không lập tờ khai bổ sung cho kỳ cũ mà thực hiện kê khai vào kỳ hiện tại. Chỉ khi hóa đơn đã kê khai nhưng sai số liệu thì mới lập tờ khai bổ sung cho kỳ bị sai.
Câu 2. Kê khai bổ sung có bị phạt không?
Kê khai bổ sung không bị phạt. Tuy nhiên:
- Nếu kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp và thực hiện sau thời hạn nộp tờ khai, doanh nghiệp sẽ bị tính tiền chậm nộp.
- Nếu chủ động kê khai bổ sung trước khi cơ quan thuế phát hiện, thông thường không bị xử phạt hành chính.
Câu 3. Kê khai bổ sung sau bao lâu thì không được chấp nhận?
Theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14, người nộp thuế được kê khai bổ sung trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp tờ khai của kỳ tính thuế có sai sót, trừ trường hợp đã có quyết định thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế.
Câu 4. Kê khai bổ sung làm nộp thừa thuế GTGT thì xử lý thế nào?
Trường hợp kê khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp hoặc phát sinh số thuế nộp thừa, doanh nghiệp được:
- Bù trừ vào nghĩa vụ thuế của các kỳ tiếp theo.
- Hoặc đề nghị hoàn thuế nếu đáp ứng đủ điều kiện theo quy định.
Câu 5. Có cần làm lại báo cáo tài chính khi kê khai bổ sung thuế GTGT không?
Việc kê khai bổ sung thuế GTGT không đồng nghĩa với việc phải lập lại báo cáo tài chính. Chỉ trong trường hợp sai sót thuế GTGT làm ảnh hưởng trọng yếu đến số liệu kế toán, doanh nghiệp mới cần xem xét điều chỉnh sổ sách và thuyết minh phù hợp.
Bổ sung, điều chỉnh tờ khai thuế GTGT không quá phức tạp nếu kế toán nắm rõ nguyên tắc và thực hiện đúng trình tự, từ việc xác định kỳ sai, lập tờ khai bổ sung, đến điều chỉnh chênh lệch vào kỳ hiện tại. Việc chủ động rà soát và kê khai bổ sung kịp thời không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định pháp luật về thuế mà còn tránh được các khoản tiền chậm nộp và xử phạt không cần thiết, đồng thời đảm bảo số liệu thuế được theo dõi chính xác, nhất quán giữa các kỳ

