Thông tư 90/2026/TT-BTC: Quy định về đăng ký thuế & những điều hộ kinh doanh, doanh nghiệp cần lưu ý

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định về đăng ký thuế, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 và thay thế Thông tư 86/2024/TT-BTC. Thông tư hướng dẫn các quy định về đăng ký thuế lần đầu, thay đổi thông tin, tạm ngừng hoạt động, chấm dứt và khôi phục mã số thuế.

Những quy định này tác động đến nhiều nhóm đối tượng, trong đó có:

• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
• Doanh nghiệp, hợp tác xã và các đơn vị phụ thuộc.
• Tổ chức, cá nhân đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế.
• Nhà cung cấp nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam.
• Chủ quản nền tảng thương mại điện tử và các tổ chức có trách nhiệm khấu trừ, nộp thuế thay.

Trong bài viết này, Sapo sẽ tổng hợp những nội dung đáng chú ý của Thông tư 90/2026/TT-BTC và các vấn đề hộ kinh doanh, doanh nghiệp cần lưu ý.

1. Tổng quan về Thông tư 90/2026/TT-BTC

2. Những điểm mới hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và doanh nghiệp cần lưu ý

2.1. Cần xác định đúng hình thức đăng ký thuế

Theo Điều 4, Điều 6 Thông tư 90/2026/TT-BTC, tùy từng nhóm người nộp thuế, việc đăng ký thuế sẽ được thực hiện theo hình thức riêng: 

• Đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông: Áp dụng với doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác và hộ kinh doanh thuộc diện đăng ký kinh doanh. Thủ tục đăng ký thuế được thực hiện thông qua cơ quan đăng ký kinh doanh.
• Đăng ký trực tiếp với cơ quan thuế: Áp dụng với các nhóm người nộp thuế thuộc diện đăng ký trực tiếp theo quy định. Người nộp thuế có thể nộp hồ sơ điện tử qua Cổng Dịch vụ công quốc gia, Ứng dụng định danh quốc gia hoặc Hệ thống thông tin quản lý thuế, trừ một số trường hợp đặc biệt.

2.2. Mỗi tổ chức, cá nhân có một mã số thuế duy nhất

Khoản 3 Điều 5 Thông tư 90 quy định tổ chức được cấp một mã số thuế duy nhất để sử dụng trong suốt quá trình hoạt động, trừ trường hợp được cấp mã số thuế nộp thay. Cá nhân cũng được cấp một mã số thuế duy nhất để sử dụng trong suốt cuộc đời; mã số thuế đã cấp không được dùng lại cho người nộp thuế khác.

Với doanh nghiệp, tổ chức kinh tế hoặc tổ chức khác sau khi chuyển đổi loại hình, bán, tặng, cho, thừa kế, mã số thuế được giữ nguyên theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 5.

2.3. Cập nhật thông tin chưa khớp dữ liệu dân cư 

Khoản 3 Điều 37 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định trường hợp thông tin đăng ký thuế của cá nhân, chủ hộ gia đình, chủ hộ kinh doanh hoặc cá nhân kinh doanh không khớp đúng với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư, hoặc chưa đầy đủ, người nộp thuế phải thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế trước khi sử dụng số định danh cá nhân làm mã số thuế.

Trường hợp cá nhân từng được cấp nhiều hơn một mã số thuế, khoản 4 Điều 37 quy định người nộp thuế phải cập nhật số định danh cá nhân cho các mã số thuế đã cấp để cơ quan thuế tích hợp các mã số này vào số định danh cá nhân. Sau khi tích hợp, hóa đơn, chứng từ, hồ sơ thuế, giấy tờ có giá trị pháp lý đã lập bằng mã số thuế cũ vẫn tiếp tục được sử dụng để chứng minh nghĩa vụ thuế, không phải điều chỉnh toàn bộ sang số định danh cá nhân.

2.4. Đổi địa chỉ làm thay đổi cơ quan thuế quản lý phải xử lý theo hai bước

Theo Khoản 2 Điều 23 Thông tư 90/2026/TT-BTC, hộ kinh doanh đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông khi thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp thì phải nộp hồ sơ thay đổi cho cơ quan thuế nơi chuyển đi trước khi đăng ký thay đổi địa chỉ trụ sở với cơ quan đăng ký kinh doanh.

Sau khi cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm, hộ kinh doanh mới thực hiện đăng ký thay đổi địa chỉ trụ sở với cơ quan đăng ký kinh doanh.

Với hộ gia đình, cá nhân kinh doanh đăng ký trực tiếp với cơ quan thuế, khoản 3 Điều 23 quy định người nộp thuế nộp hồ sơ tại cơ quan thuế nơi chuyển đi, sau đó tiếp tục nộp hồ sơ tại Thuế cơ sở nơi chuyển đến trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành thông báo chuyển địa điểm.

2.5. Chủ quản nền tảng thương mại điện tử có chức năng thanh toán có thể được cấp mã số thuế nộp thay

Thông tư 90 có quy định về việc cấp mã số thuế riêng cho việc khai, nộp thay số thuế đã khấu trừ của chủ quản nền tảng thương mại điện tử có chức năng thanh toán ở trong nước và tổ chức tại Việt Nam có hoạt động kinh tế số khác. Nội dung này liên quan đến điểm a khoản 1 Điều 45 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và được nêu tại Điều 1 Thông tư 90. 

Đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh bán hàng trên sàn thương mại điện tử, việc theo dõi đầy đủ doanh thu, đơn hàng và số thuế đã được nền tảng khấu trừ, nộp thay sẽ giúp thuận tiện hơn khi kiểm tra, đối chiếu và thực hiện các nghĩa vụ thuế liên quan.

3. Hộ kinh doanh và doanh nghiệp cần làm gì để tuân thủ Thông tư 90/2026/TT-BTC?

Để thực hiện đúng các quy định về đăng ký thuế và hạn chế vướng mắc trong quá trình hoạt động, hộ kinh doanh và doanh nghiệp nên chủ động thực hiện các công việc sau:

• Rà soát thông tin đăng ký thuế, gồm tên, địa chỉ, người đại diện, email, số điện thoại và thông tin định danh.
• Kiểm tra sự thống nhất giữa thông tin đăng ký kinh doanh và thông tin thuế.
• Theo dõi tình trạng mã số thuế, đặc biệt khi thay đổi địa chỉ, tạm ngừng, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động.
• Lưu trữ dữ liệu doanh thu, đơn hàng, hóa đơn, chứng từ và thông tin giao dịch trên các kênh bán hàng.
• Đối chiếu kỹ quy định áp dụng cho nhóm của mình: doanh nghiệp/tổ chức, hộ kinh doanh, hộ gia đình hay cá nhân kinh doanh.

Đồng hành cùng hộ kinh doanh và doanh nghiệp trong quá trình thích ứng với các quy định mới về quản lý thuế, Sapo cung cấp hệ sinh thái quản lý bán hàng, hóa đơn điện tử và kế toán trên cùng một nền tảng hỗ trợ nhà bán hàng: 

• Quản lý tập trung doanh thu từ cửa hàng, website, sàn thương mại điện tử và mạng xã hội.
• Theo dõi đơn hàng, thanh toán, tồn kho và công nợ trên cùng hệ thống.
• Xuất hóa đơn điện tử từ dữ liệu bán hàng, hỗ trợ lưu trữ và tra cứu thuận tiện.
• Tự động tạo sổ sách kế toán dựa trên dữ liệu bán hàng thực tế, hỗ trợ kiểm tra và đối chiếu số liệu.
• Lập tờ khai thuế từ dữ liệu bán hàng và hóa đơn điện tử, hỗ trợ ký và nộp trực tiếp trên Sapo.

Nhờ đó, hộ kinh doanh và doanh nghiệp có thể quản lý dữ liệu kinh doanh tập trung, hạn chế sai sót và chủ động hơn trong quá trình thực hiện các quy định mới về đăng ký và quản lý thuế.