Thông tư 91/2026/TT-BTC: Hướng dẫn một số quy định về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định một số điều của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử..

Thông tư 91/2026/TT-BTC có nhiều thay đổi liên quan đến việc xử lý hóa đơn điện tử sai sót, hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền, quản lý dữ liệu hóa đơn gửi cơ quan thuế, các trường hợp tạm ngừng hoặc ngừng sử dụng hóa đơn điện tử và hệ thống biểu mẫu hóa đơn điện tử.

Những quy định mới này sẽ tác động trực tiếp đến:

• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh sử dụng hóa đơn điện tử.
• Doanh nghiệp đang phát hành hóa đơn điện tử.
• Đơn vị sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.
• Nhà bán hàng trên sàn thương mại điện tử và nền tảng số.
• Các tổ chức, cá nhân thuộc diện quản lý hóa đơn điện tử theo quy định của cơ quan thuế.

Trong bài viết này, Sapo sẽ tổng hợp những nội dung quan trọng của Thông tư 91/2026/TT-BTC, đồng thời phân tích các điểm doanh nghiệp và hộ kinh doanh cần đặc biệt lưu ý để chủ động rà soát quy trình, cập nhật hệ thống và tuân thủ đúng quy định mới.

1. Tổng quan về Thông tư 91/2026/TT-BTC

2. Những điểm hộ kinh doanh cần chú ý về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử

1. Tiêu chí xác định người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro cao khi đăng ký hóa đơn điện tử

Theo Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC, cơ quan thuế có thể xác định người nộp thuế thuộc nhóm rủi ro cao khi đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử nếu thông tin đăng ký có dấu hiệu bất thường hoặc người đại diện/chủ sở hữu có liên quan đến lịch sử rủi ro về thuế, hóa đơn, chứng từ. 

Các dấu hiệu đáng chú ý gồm: 

• Người đại diện/chủ sở hữu có liên quan đến hành vi gian lận, mua bán hóa đơn
• Người đại diện/chủ sở hữu thuộc danh sách có giao dịch đáng ngờ theo quy định về phòng, chống rửa tiền
• Địa chỉ trụ sở chính không rõ ràng hoặc không phù hợp
• Người đại diện/chủ sở hữu có liên quan đến người nộp thuế từng ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất thủ tục thuế, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc có vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ
• Có dấu hiệu rủi ro khác do cơ quan thuế xác định

2. Quy định về ngừng, tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử và thời hạn giải trình

Theo điểm i khoản 1 Điều 8, trường hợp hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã được cấp mã số thuế trước ngày 01/7/2025 nhưng thông tin đăng ký thuế không khớp với thông tin cá nhân trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc thông tin chưa đầy đủ, cơ quan thuế sẽ yêu cầu bổ sung thông tin trong thời hạn 10 ngày làm việc. Sau thời hạn này, nếu hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh chưa bổ sung, cơ quan thuế thực hiện tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.

Ngoài ra, trong một số trường hợp người nộp thuế thuộc diện rủi ro hoặc cần giải trình, bổ sung tài liệu, thời hạn phản hồi có thể là 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế gửi thông báo điện tử.

Nếu bị tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, hoạt động xuất hóa đơn, đối soát doanh thu, ghi nhận giao dịch và xử lý đơn hàng có thể bị ảnh hưởng. Vì vậy, hộ kinh doanh nên kiểm tra sớm thông tin đăng ký thuế, thông tin cá nhân, mã số thuế và cập nhật kịp thời khi cơ quan thuế yêu cầu.

3. Hướng dẫn xử lý hóa đơn điện tử đã lập sai

Theo khoản 1 Điều 10, trường hợp hóa đơn điện tử đã lập sai các nội dung như tên, địa chỉ, số tiền bằng chữ hoặc nội dung khác nhưng không sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn, người bán thông báo cho người mua và không phải lập lại hóa đơn. Người bán thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT 

Trường hợp hóa đơn sai các nội dung quan trọng như mã số thuế, tên hàng hóa, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc nội dung bắt buộc khác, người bán có thể lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế. 

Nếu trong cùng tháng có nhiều hóa đơn sai cùng thông tin với cùng một người mua, người bán được lập một hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế cho nhiều hóa đơn, đính kèm bảng kê theo Mẫu số 01/BK-ĐCTT.

4. Bổ sung trường hợp không phải lập văn bản thỏa thuận khi hóa đơn điện tử lập sai

Theo điểm b khoản 1 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, khi hóa đơn điện tử đã lập sai, thông thường người bán và người mua là tổ chức, hộ kinh doanh hoặc cá nhân kinh doanh phải có văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai trước khi điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn. 

Tuy nhiên, người bán không bắt buộc lập văn bản thỏa thuận trong một số trường hợp có dữ liệu điện tử làm căn cứ đối chiếu, gồm: 

• Hóa đơn được chuyển dữ liệu theo Bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử
• Giao dịch được chuyển theo Bảng thông tin chi tiết giao dịch;
• Hoạt động mua bán hàng hóa phát sinh trên nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác. 

Trong các trường hợp này, người bán vẫn phải xử lý hóa đơn sai theo đúng quy định, nhưng không cần lập thêm văn bản thỏa thuận riêng về nội dung sai. 

5. Trường hợp phải lập hóa đơn thay thế, không dùng hóa đơn điều chỉnh

Điểm c khoản 1 Điều 10: quy định trường hợp hóa đơn điện tử đã lập sai trong các trường hợp sau cần xử lý là lập hóa đơn thay thế, không dùng hóa đơn điều chỉnh:

• Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền
• Hóa đơn điện tử bán hàng hóa là tài sản phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng

Quy định này giúp thông tin hóa đơn thống nhất với dữ liệu giao dịch, dữ liệu máy tính tiền hoặc hồ sơ đăng ký tài sản. Riêng trường hợp tài sản đã đăng ký theo tên người mua và người mua trả lại hàng theo quy định tại điểm c.2 khoản 5 Điều 10, nếu người mua thuộc đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử thì người mua lập hóa đơn trả lại hàng cho người bán.

6. Các hồ sơ, biểu mẫu người nộp thuế cần chú ý theo Phụ lục III Thông tư 91/2026/TT-BTC

Phụ lục III ban hành kèm Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định nhóm hồ sơ, mẫu biểu dành cho người nộp thuế trong quá trình đăng ký, sử dụng, điều chỉnh và xử lý hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử. Đây là các mẫu quan trọng mà hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và doanh nghiệp cần nắm để dùng đúng khi làm việc với cơ quan thuế.

3. Hộ kinh doanh và doanh nghiệp cần làm gì để tuân thủ Thông tư 91/2026/TT-BTC?

Để đảm bảo việc sử dụng hóa đơn điện tử đúng quy định và tránh bị gián đoạn hoạt động kinh doanh khi Thông tư 91/2026/TT-BTC có hiệu lực, hộ kinh doanh và doanh nghiệp nên chủ động thực hiện các công việc sau:

• Rà soát quy trình xử lý hóa đơn sai sót: Cập nhật quy trình xử lý hóa đơn điện tử theo các quy định mới về hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế và trường hợp được điều chỉnh trực tiếp trên Bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử.
• Kiểm tra thông tin đăng ký thuế: Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh cần đối chiếu thông tin đăng ký thuế với dữ liệu dân cư để đảm bảo thông tin chính xác, đầy đủ, tránh nguy cơ bị tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.
• Theo dõi các trường hợp tạm ngừng, ngừng sử dụng hóa đơn điện tử: Chủ động rà soát tình trạng hoạt động, nghĩa vụ thuế và thông tin đăng ký kinh doanh để tránh rơi vào các trường hợp bị cơ quan thuế áp dụng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.
• Lưu trữ và quản lý dữ liệu hóa đơn đầy đủ: Đảm bảo dữ liệu hóa đơn, chứng từ và giao dịch được lưu trữ chính xác, phục vụ việc đối chiếu, kê khai và giải trình khi cần thiết.

Đồng hành cùng hộ kinh doanh và doanh nghiệp trong quá trình thích ứng với các quy định mới về thuế và hóa đơn điện tử, Sapo mang đến trọn bộ giải pháp quản lý bán hàng, xuất hóa đơn điện tử, kê khai và nộp thuế trên một nền tảng duy nhất.

• Quản lý bán hàng đa kênh tập trung trên nhiều kênh như cửa hàng, website, sàn thương mại điện tử và mạng xã hội.
• Xuất hóa đơn điện tử tự động theo quy định mới nhất của cơ quan thuế.
• Tự tạo sổ sách kế toán dựa trên dữ liệu bán hàng thực tế, hỗ trợ kiểm tra, đối chiếu để tránh sai sót
• Lập tờ khai thuế tự động từ dữ liệu bán hàng/ hóa đơn điện tử. Ký và nộp trực tiếp ngay trên Sapo, không cần đăng nhập nhiều hệ thống.

Nhờ đó, hộ kinh doanh và doanh nghiệp có thể nhanh chóng cập nhật các thay đổi của Thông tư 91/2026/TT-BTC, giảm thiểu sai sót trong quá trình sử dụng hóa đơn điện tử, đồng thời tối ưu hiệu quả quản lý và vận hành hoạt động kinh doanh.